Am Technisch-Physikalischen Institut (TPI) verbinden sich Grundlagenforschung und technische Anwendung. Der Bau und die Eröffnung des Instituts verzögerten sich allerdings aufgrund des Neubaus am Helmholtzweg 5. 1903 wurde das Institut eingeweiht.
Erster Kristallisationspunkt der Forschung wurde die Nachrichtentechnik. Max Wien, Leiter des physikalischen Instituts (1911-1936), hatte mit dem vor seiner Jenaer Zeit entwickeltem Löschfunkenprinzip Pionierarbeit geleistet. Sein ehemaliger Schüler Abraham Esau wurde 1925 ans TPI berufen. Noch im selben Jahr konnte dieser die weltweit erste UKW-Übertragung zwischen Jena und Kahla durchführen. In den Folgejahren stieß er in den Bereich immer kürzerer Wellen und immer höherer Leistung vor. Auch er behielt fachübergreifende Anwendungen im Blick. Mit Erwin Schliephake, Privatdozent für Innere Medizin, entwickelte er die Kurzwellendiathermie: eine therapeutische Maßnahme, bei der tieferliegende Hautschichten gezielt durch hochfrequente Strahlung erwärmt werden.
Seine Forschungserfolge stellte er als Ressource der NS-Diktatur zu Verfügung und erreichte in den zwölf Jahren der Diktatur bedeutende Machtpositionen innerhalb des Regimes, ab 1939 als Fach-spartenleiter im Reichsforschungsrat und als Präsident der Physikalisch Technischen Reichsanstalt. Nach dem Krieg wurde Esau von dem Vorwurf wirtschaftlicher Kriegsverbrechen freigesprochen und "entnazifiziert". Seine Wiedereingliederung in die Forschung nach 1945 an der RWTH Aachen vollzog sich nahezu reibungsfrei.
In der Nachkriegszeit fokusierte man sich unter der Leitung von Alfred Eckhardt auf die Kernphysik. Besonders das Betatron, eine spezielle Bauart von Kreisbeschleunigern, stand im Fokus: Mitte der 1960er war Jena das Zentrum der Betatronforschung in der DDR. Wiederum beschränkte man sich nicht auf Grundlagenforschung: das Betatron wurde auch zur zerstörungsfreien Werkstoffprüfung und zur Strahlentherapie von Tumorpatienten eingesetzt.
Die Forschung am Helmholtzweg 3 und 5 konzentrierte sich in den Folgejahren immer weiter auf die Festkröperphysik. Schließlich findet man heute das zugehörige Institut der Universität Jena in diesen beiden Gebäuden.