Die Abwanderung und Indienstnahme von Physikern in Ost und West sowie die Demontage der Einrichtung ergaben schwierige Anfangsbedingungen für die Jenaer Physik nach dem Zweiten Weltkrieg. Dennoch konnte im Rahmen des von Wilhelm Schütz (1900-1972) angestoßenen Forschungsprogramms zur "Spektroskopie aller Wellenlängen" bald erhebliche Erfolge erzielt werden.
Der Bau des heutigen Sitzes der physikalisch-astronomischen Fakultät wurde auch von Schütz initiiert. In zwei Bauabschnitten (1953-1956 und 1958-1963) wurden zunächst die Räume für die Lehre und später für die Forschung geschaffen. Besonders beeindruckend ist der an ein Amphitheater angelehnte große Hörsaal in den oberen Stockwerken.
Die Laserforschung, die immer noch ein Aushängeschild der Jenaer Physik ist, hat hier ihren Ursprung. Angestoßen 1960/61 auch mit materieller und personeller Unterstützung durch den VEB Carl Zeiss, verpassten die Jenaer Physiker nur knapp die Marke des ersten Lasers in der DDR. Allerdings konnten sie ihre Forschungskapazitäten am 3. Dezember 1962 in der öffentlichen Vorführung der Apparate und ihrer Effekte im großen Hörsaal eindrucksvoll unter Beweis stellen. Damit wurde ein Forschungsfeld geschaffen, das sowohl die Jenaer Physik als auch die Forschung und Fertigung bei Zeiss nachhaltig prägen sollte.
Auch die Kernresonanz (kurz: NMR)-Spektroskopie wurde in Jena verfolgt und startete unter teils abenteuerlichen Umständen: das Gehäuse des ersten Spektrometers, nur als Beispiel, wurde aus Alu-Resten eines abgestürzten B17 Bombers gegossen. Unter Wilhelm Schütz und Gerhard Scheler konnte bis 1958 bereits ein hochauflösendes NMR-Spektrometer entwickelt werden. Besonders weit rezipiert wurden die Jenaer Arbeiten zur Kernresonanzmessung von Aluminium.