Der Umzug der Physik aus der Neugasse war unfreiwillig. Die Störfelder und Erschütterungen einer geplanten Straßenbahn hätten die Experimente empfindlich gestört. Deshalb wurde das erste Gebäude am damals neuen und heutigen Hauptstandort der Jenaer Physik errichtet.
Hier forschten und lehrten unter anderem Erwin Schrödinger, Wilhelm Hanle, Georg Joos und Friedrich Hund (zeitweilig Rektor der Universität). Eine gewisse Blütezeit erlebte die Jenaer Physik unter der Leitung von Max Wien (1866-1938; Leitung: 1913-1936), nicht zu verwechseln mit seinem Vetter und Nobelpreisträger Wilhelm Wien.
Karl Baedeker nahm hier die erste bewusste Dotierung von Halbleitern vor. Max Wien selbst entdeckte, dass sich für Elektrolyte bei hohen Feldstärken Abweichungen vom Ohmschen Gesetz ergaben. Heute ist dieses Phänomen auch als "Wien-Effekt" bekannt.
Hans Busch erarbeitete anhand der Fehlerbetrachtung eines von ihm entwickelten Vorführexperiments zum Ladungs-Masse-Verhältnis des Elektrons die Abbildungsgleichungen für magnetische Linsen. Diese Arbeiten sollten den Berliner Physiker Ernst Ruska zu weiteren Untersuchungen anregen und stehen damit am Anfang der Entwicklung des Elektronenmikroskops.
Auch nach dem Wiederaufbau in den Nachkriegsjahren konnte die Forschung Erfolge erzielen. Die Entwicklung des ersten Dünnschicht-SQUIDS mit integriertem Flusstransformator (1976-78) im Bereich "Detektorenphysik" zur sensiblen Messung von magnetischen Feldern sei hier beispielhaft genannt. Anwendung fand diese Technologie unter anderem im medizinisch-diagnostischen Bereich: sie erlaubt es vom menschlichen Körper erzeugte schwache magnetische Felder, wie sie den Herzschlag oder die Hirnaktivität begleiten, genau zu messen. Die Methode ist nicht invasiv und passiv.